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继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
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艾米贝丝·麦克纳尔蒂,杰拉丁妮·詹姆斯,罗伯特·H·托马斯,达莉拉·贝拉,卢卡斯·杰德·祖曼,艾默里克·杰特·蒙塔兹,科里·格鲁特-安德鲁,科里恩·科斯洛,达尔默·阿泽德,乔安娜·道格拉斯,克里斯蒂安·马廷,赖恩·基拉·阿姆斯特朗,海伦·约翰斯,乔纳森·霍姆斯,韦斯利·弗兰斯,阿什利·斯图尔特,Miranda,McKeon,特兰娜·基汀,Cara,Ricketts,Kiawenti,Glenna,Walters,Kyla,Matthews
克里斯托弗·米洛尼,Danielle Moné Truitt,Ainsley Seiger,布兰特·安东尼洛,卡米拉·贝勒,Iván Amaro Bullón,布莱恩·多纳休,杰弗里·多诺万,瑞克·冈萨雷斯,格斯·哈尔珀,Alayna Hester,Marinko Radakovic
Deanna Thompson,John Green,Claudette Hamlin,Antonio Paradiso,Anna Yourkin,Benjamin Xu,Marc Lilge,Mike Nadeau,Joe Panz,Joe Warmington,Henri,Romeo Salta,Kadir Anlayisli,Joel Watts
布莱恩·泰里·亨利,瓦格纳·马拉,马琳·爱尔兰,阿米尔·阿里森,内斯塔·库珀,凯特·穆格鲁,文·瑞姆斯,威尔·普伦,阮春智,利兹·卡瑞贝尔,Idris Debrand,翘征,Phong Le,Emma Lewis,Jaba Keh,贾里德·约翰斯顿,加布里埃尔·埃伯特,卡茨·沃尔索尔,Tara Gadomski,查尔斯·哈尔福德
特德·丹森,斯蒂芬妮·比翠丝,Lilah Richcreek Estrada,凯莉·奥马利,嘉玛·威廉姆森,妮娜·戈辛菲奥,Shylo Shaner,Marc Anthony Samuel,库尔特·克勒,小吉米·沃克,Fatima Dominguez,Scott Jordan,Frank Scozzari,Valerie Ybarra
梅·马丁,夏洛特·里奇,拉蒙·蒂卡拉姆,奥菲利亚·拉维邦德,丽莎·库卓,汤姆·杜兰特·普里特查德,菲尔·伯格斯,汤姆·安德鲁斯,里图·阿亚,托比·班特法,罗莎琳德·马奇,辛杜·维伊,斯特恩·拉斯科普洛斯,艾尔·罗伯茨,苏菲·汤普森,皮帕·海伍德,雪特娜·潘迪亚,艾德里安·鲁基斯,格洛里亚·奥比安约,巴里·沃德
