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继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
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哈里森·福特,杰森·席格尔,克瑞丝塔·米勒,杰西卡·威廉姆斯,迈克尔·尤瑞,蒂尔基·琼斯,卢克·坦尼,埃文·沙夫兰,Lukita Maxwell,Rosslyn Luke,Matt Knudsen
扎克瑞·昆图,拉塞尔·托维,桑德拉·伯恩哈德,查尔斯·卡维尔,丽贝卡·达扬,尼科·格莱瑟姆,莱斯利·格罗斯曼,比莉·洛德,帕蒂·卢波恩,乔·曼特罗,艾萨克·鲍威尔,Lee Aaron Rosen
凯尼塔·史密斯,基斯·阿兰,拉塞尔·霍奇金森,奈特·赞,阿纳斯塔西娅·巴拉诺娃,Sydney Viengluang,娜塔莉·琼贾伦拉普,格蕾丝·菲普斯,亨利·罗林斯,迈克尔·贝里曼,塔拉·霍尔特,迈克尔·奥克斯,Chris Labrum,Jerry L. Buxbaum
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