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继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
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道格·琼斯,伊芙·哈洛,索尼夸·马丁-格林,考乐姆·吉斯·雷尼,埃利亚斯·托菲西斯
大卫·田纳特,比莉·派佩,卡蜜尔·柯杜丽,诺埃尔·克拉克,佐伊·沃纳梅克,迈克尔·菲茨杰拉德,露茜·罗宾森,阿卓艾·安多,西蒙·路德斯,斯特鲁恩·罗杰,保利娜·科林斯,伊恩·汉摩尔,米歇尔·邓肯,德里克·里德尔,杰米·西弗斯,罗恩·多纳基
丽莉·吉欧,保罗·斯帕克斯,玛丽·莱恩·莱杰斯库,亚历桑德拉·卡斯蒂略,肖恩·本森,德鲁·尼尔森,凯特·林恩·希尔,詹姆斯·吉尔伯特,凯特·休利特,尼尔·怀特利,Ann Pirvu
杰森·贝吉 Jason Beghe,乔恩·塞达,索菲亚·布什,杰西·李·索弗,伊莱亚斯·科泰斯,玛瑞娜·斯奎尔西亚提,艾米·莫顿,帕特里克·约翰·弗吕格,芭芭拉·伊芙·哈里斯,LaRoyce Hawkins
安娜·卡思卡特,安东尼·基凡,金允珍,李喜元,西奥·奥吉尔·伯纳旺提尔,莎拉尤·拉奧,约翰·考伯特,丹尼尔·C·肯尼迪,Gia Kim,Michael K. Lee,Alexander Morel,Ivan Melgares,Jocelyn Shelfo,Minyeong Choi,Peter Thurnwald,Sang Heon Lee,Jordana Summer
