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继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
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凯尔希·格兰莫 Kelsey Grammer,大卫·海德·皮尔斯,大卫·海德·皮尔斯 David Hyde Pierce,佩里·吉普林 Peri Gilpin,约翰·马奥尼 John Mahoney
马修·贝恩顿,吉姆·霍威克,本·威尔邦德,西蒙·法纳比 Simon Farnaby,萨拉·哈德兰 Sarah Hadland,玛莎·豪-道格拉斯 Martha Howe-Douglas
斯蒂芬·库里,亚当·佩里,艾登·梅耶里,艾戈·乌迪姆,Samuel Evan Horowitz,Julian Sergi,Felix Jerry Droz,Fatima Dominguez,Timothy A. Slater,Kyle Gibson,Christopher Pastenes,Scott Jordan,Alejandro Cordaway,Alonso Saravia,Brian Parker,Valerie Ybarra
