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继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
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艾丽西娅·冯·里特贝格,杰西卡·雷恩,萝玛拉·嘉瑞,亚历山德拉·吉尔布雷斯,约翰·赫夫南,里奥·比尔,汤姆·库伦,贝拉·拉姆齐,杰米·帕克,奥利维尔·体班德,Ekow,Quartey,奥利弗·泽特斯特姆,George,Baker,杰米·布莱克利,Jacob,Avery,本·摩尔,马修·斯蒂尔,亚历克斯·麦奎因,米尔托斯·耶罗勒曼,艾琳·安斯沃思,Bo,Poraj,罗伯特·怀特洛克,尼古拉斯·毕绍普,爱德华E.沃特,Richard,Lloyd-Knight
提图斯·维里沃,米密·罗杰斯,麦迪逊·林茨,Denise G. Sanchez,马克·阿特伯里,Patrick Brennan,Rafael Cabrera,杰西卡·卡马乔,Stephen A. Chang,布鲁斯·戴维森,大卫·丹曼,Anthony Gonzales,曼尼·斯特里茨,马克斯·马蒂尼,Jared Shipley,盖·威尔逊
文斯·沃恩,娜塔丽·马丁内斯,约翰·奥提兹,亚历克斯·莫法特,汤姆·诺维茨基,罗纳德·皮特,大卫·圣路易斯,托德·艾伦·德金,L·斯科特·卡德维尔,吉泽尔·希门尼斯,维克托·特平,阿什利·妮可·布莱克,Reese Antoinette,Ellen Marguerite Cullivan,布兰登·西罗塔,Darren Anselmo,安东尼·贝勒索,Amina Massai,Tyler Picchi,鲍勃·克莱德宁
