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晴朗时节，江户川柯南（高山南 配音）和毛利小五郎（小山力也 配音）、小兰（山崎和佳奈 配音）以及少年侦探团的伙伴们一同来到京都，他们即将登上自卫队的宙斯盾战舰，体验一把出海作战的感觉，期间还结识了美丽又有着几分神秘的女自卫队员藤井七海（柴咲幸 配音）。谁知快乐的氛围很快被恐慌所替代，战舰上突然发现一条断掉的手臂，消失的自卫队员又引起军方的恐慌与猜测。原来某国神秘间谍X已悄悄登上宙斯盾，伺机盗取战舰上的绝密情报。
为了找出隐藏的对手，柯南和灰原哀（林原惠美 配音）、阿笠博士（绪方贤一 配音）、服部平次（堀川亮 配音）以及远山和叶（宫村优子 配音）通力合作，与间谍展开连番斗智斗勇的较量…
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保志总一朗,田中理惠,石田彰,森奈奈子,铃村健一,坂本真绫,三石琴乃,子安武人
布里塔妮·霍花德,威尔·福特,乔恩·海德,达兰·诺里斯,大卫·米驰,贝琪·索达罗,Lynn,Wang,帕姆·科茨,米歇尔·朱博利·冈萨雷斯,桑德瑞拉·艾弗里,赫克特·吉门雷兹,吉诺·席格斯,雪莉·可拉,Matthew,Wolf,扎克·加利凡纳基斯,Noelle,Holsinger,Ashley,London,Birdie,Hess,Carter,Hurst,K.J.,Howard
島田敏,速水奨,玄田哲章,渡辺猛
村濑步,石川界人,日野聪,入野自由,细谷佳正,林勇,内山昂辉,齐藤壮马,冈本信彦,神谷浩史,名冢佳织,江川央生,诸星堇,梶裕贵,中村悠一,立花慎之介,石井马克,横田成吾,星野贵纪,池田恭祐,长南翔太,中博史,福田信昭,木村昴,土屋神叶,渡边拓海,木村良平,逢坂良太,山本兼平
村濑步,石川界人,日野聪,入野自由,细谷佳正,林勇,内山昂辉,齐藤壮马,冈本信彦,神谷浩史,名冢佳织,江川央生,诸星堇,梶裕贵,中村悠一,立花慎之介,石井马克,横田成吾,星野贵纪,池田恭祐,长南翔太,中博史,福田信昭,木村昴,土屋神叶,渡边拓海,木村良平,逢坂良太,山本兼平
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